События «F.3.A.R. (F.E.A.R. 3)» является продолжением «F.E.A.R. 2: Project Origin», события в игре начинаются вскоре после окончания событий второй части. Оперативник (Point Man) — один из протагонистов «F.3.A.R. (F.E.A.R. 3)» — является героем первой части. В начале нам показывают как на Оперативника нападают сотрудники «Армахем», эти кадры перемежаются с кадрами как Пакстон Феттел, антагонист первой части, подходит к камере где избивают Оперативника, пытаясь выяснить где находиться Джин Сун-Квон. Феттел вселяется в одного из cолдат, и сворачивает голову второму, Оперативник освобождает себя от наручников, ловит нож на лету и убивает солдата в котором находился Феттел. После чего начинается сама игра.
Оперативник прорывается через отряды «Армахем», которые отволокли в изолятор многих выживших людей. Первоочередной задачей для Оперативника является спасение Джин. Во время перестрелок был поврежден главный щит электроснабжения и отвод газопровода, что привело к разрушению здания. Оперативник проваливается сквозь пол и его начинает уносить течением по отводу канализации, когда неожиданно его хватает за руку Феттел и выталкивает в безопасную зону. После чего Оперативник приходит в себя в трущобах под руинами изолятора.
Окончательно придя в себя, Оперативник продолжает поиски Джин Сун-Квон. Брат следует за ним. В одном из коридоров коллектора Оперативник неожиданно попадает в засаду и солдат «Армахема» бьет его по голове. Не успев сообщить о поимке объекта на солдат обрушивается Первичный посланный Альмой и молниеносно истребляет весь отряд. Выбравшись наконец на поверхность, Оперативник видит как «армахемцы» пытаются запугать и выманить жителей из их домов. Завязывается очередной бой. Феттел сообщает что, вертолет — их единственный шанс убраться. И Оперативник двигается к площадке где приземлится вертолет. После недолгого боя с «фазерами», Оперативник бежит к вертолету. В прыжке он цепляется за бортик, залезает внутрь, видит довольно усмехающегося брата и идет к пилотам. Вырубив одного и вышвырнув из кабины второго, Оперативник сам садится за штурвал.
Пока вертолет летел к Фэйрпорту, сидевший в кабине без сознания, пилот успел прийти в себя и гневно заявил Оперативнику что с ним и его братом разберутся местные твари. В ответ Оперативник вырубает его. Тут в небе прокатывает волны непонятного излучения и вертолет падает прямо на гипермаркет на окраине города. Пробираясь через магазин Оперативнику пришлось столкнутся со спятившими жителями округа. Яростно и фанатично настроенные против «Армахем» и протагониста, зомби, пытаются избавится от всех кто мешает, как выразился Феттел, «слушать Альму». В самом центре магазина Оперативник находят люльку для младенца, и выбравшийся из нее Первичный призывает всех зомби. В конце-концов Оперативник выбегает из магазина и видит как один из зомбированых рисует что-то на стене кровью отрубленной кисти. Оперативник хватает зомбака за горло в то время как Феттел изучает рисунки на стене. Отметив что жажда насилия этих существ восхищает его, Феттел направился дальше первым. Оперативник бросивший зомбака на землю последовал за ним.
«Армахемцы» продолжают вести бои против зомби. Оперативник продолжает поиски Джин Сун-Квон. Феттел советует ему пробираться через дома — так быстрее. Очередной появление Первичного доказывает, что у него есть контроль над зомби. Схватив Оперативника, монстроид отправляет его в очередную галлюцинацию, выйдя из которой, Оперативник окажется на улице возле брата. Феттел пытается отговорить его от поисков Джин, но Оперативник не слушает. Начинаются новые бои с солдатами «Армахема». Очередной выброс энергии убивает «армахемцев» напавших на протагониста. Далее Оперативник захватывает бронеробота и с его помощью продолжает прорываться в центр. Уничтожив группу солдат засевших в лесной зоне, Оперативник бросает бронеробота и сталкивается с «фазерами», а после и с их командиром. Уничтожив генераторы управления, Оперативник спускается в подвал, где и находит Джин. Увидев Феттела, она наставила на него пистолет («Я думал она будет нам рада» — прокомментировал Феттел этот момент), но все же переборола себя и поприветствовала Оперативника. Она показывает ему запись с камер наблюдения из телестезического усилителя на Стилл-Айленд, внутри которого по прежнему находится сержант отряда «Дельта» Майкл Беккет, протагонист F.E.A.R. 2: Project Origin. Майкл, в полном отчаянии, пытается привлечь к себе внимание «Армахем»: «Она одержима мной! Вы сумасшедшие!! Она меня изнасиловала!! Вы довольны, Армахем?!! Она теперь мать вашу беременна!!» После этого его хватают солдаты «Армахем». Феттел, усмехаясь, произносит: «Родня!» Джин поворачивается к Оперативнику: «Пора с этим заканчивать. Ты со мной?»
Схватки Альмы продолжают раскалывать мир. Братья хотят найти Беккета, чтобы остановить роды. Джин похищают зомби прямо из под носа Оперативника. Он пытается помочь ей, но новое землетрясение раскалывает земную поверхность и отделяет их. Феттел ехидно замечает, что от Джин больше проблем чем она стоит. Оперативник сталкивается с силами клонов Реплики, которые теперь подчиняются исключительно «Армахему» — значит проект «Предвестник» наконец-то завершен. Джин удается сбежать от зомбаков, она намеревается встретится с Оперативником у башни, но «фазовый командир» берет ее в плен, резонно замечая, что протагонист придет за ней ведь она ему как родня. Феттел пытается переубедить Оперативника тем, что она не родня им и у них есть более важные дела, но тот не слушает и идет спасать Джин. Уже у самой башни Оперативник и «фазовый командир» встречаются лицом к лицу, и к большому удивлению самого командира, Оперативник побеждает. Солдат «Армахем» охватывает паника, чему Феттел довольно злорадствует. Но неожиданно появляется еще один командир фазеров и нападет на Оперативника, однако тому снова удается победить. Освободив Джин, они вместе бегут к шатлам. Новое землетрясение разрушило конструкцию башни, основание которой падало прямо на Оперативника, но в последний момент Феттел оттолкнул его в сторону телекинезом. Находящегося в контузии Оперативника, Джин повела к шатлу.
Очнулся Оперативник уже на шатле, в воздухе. Феттел продолжал убеждать его, что они не враги, что они родня и у них одна цель. Тут на связь выходит Джин и говорит, что телепатия Альмы высасывает энергию с шатлов. Тут же шатлы терпят крушение на железнодорожном мосту. Оперативник вылазит из под обломков и поднимается на трассу, где снова вступает в бой с остатками сил «Армахема» и Реплики. Одолев их и перебравшись на другую сторону моста, Оперативник сталкивается с новыми порождениями Альмы — черными тварями, похожими на оборотней, и похоже что своим присутствием протагонист разворошил их гнездо — более десятка этих оборотней окружает протагониста со всех сторон. Еле отбившись от них, Оперативник снова выходит на верхний уровень моста, где его поджидают фазеры. Захватив элитный штурмовик, Оперативник прокладывает себе пусть через мост, но из за разрушительных пси-ударов Альмы мост рушится, а Оперативник вместе со штурмовиком падает в воду. Появившийся под водой Феттел злорадно заявляет: «Если это твой план, то все идет превосходно!». И начинает смеяться.
Добравшись до берега, братья видят как черные оборотни нападают на солдат «Армахема». Схватки Альмы продолжают создавать выбросы, поглощающие энергию. Оперативник с боями прорывается к Беккету, который очень нужен «Армахему», его собираются эвакуировать. Впервые за долгое время, Оперативник вновь встречает полицейскую охрану АТС. После долгих боев ему пришлось столкнутся с двумя «фазовыми командирами» сразу. Победив их Оперативник находит точку эвакуации, захватывает бронеробота и наконец-то пробивается к Беккету, тот находился в камере похожей на КТП. Увидев Оперативника, он говорит, что рассказал все что знает, но сообразив что перед ним не солдат «Армахема», разозлился. Посмотрев в глаза Оперативнику он снова видит галлюцинации и с воплем «Так это ты!! Что тебе надо?!», прижимается спиной к герметическому стеклу камеры. Опертивник с пистолетом на изготовку уже готов подойти к нему, но тут его останавливает Феттел, с просьбой «Позволь мне». Посмотрев на Майкла, он ехидно заметил, что это его убьет и вселился в него. Телепатия Майкла на уровне с Феттелом, и он смог вернуть себе контроль над телом ненадолго. Копаясь в его воспоминаниях, Пакстон понимает, что Альма выбрала Беккета. Уставший от сопротивления Майкл произносит последние слова в своей жизни «Эти мясники превратили нас в монстров … Я знаю, кто ты. Ты ее гребаный сын! Я здесь из-за тебя! Ты должен убить отродье, который растет в ней. Она уже не твоя мать! Ребенка… он должен! Это не должно жить!!!» и его разрывает на куски. Злорадно произнеся «Поздоровайся с мамой», Феттел начинает смеятся.
Час пробил. Беккет мертв. Альма вот-вот родит. Но кошмары связанные с Харлайном Уэйдом все еще преследуют братьев. Вместе они в идут в особняк в котором выросли, чтобы покончить с воспоминаниями о нелегком прошлом. Но сделать это оказалось непросто. Первичный оказался самим Уэйдом. Оперативник попутно отбиваясь от монстра, по кускам уничтожает свои воспоминания. И вскорее Оперативник и Феттел сталкиваются с этим демоном лицом к лицу. С яростными воплями «Вы могли бы стать богами, но стали убийцами», Уэйд пытается убить братьев, но новые крики Альмы постоянно мешают ему. В конце концов Оперативник убивает его, и перед тем как умереть Первичный показывает свое истинное лицо, которое оказывается лицом Уэйда. Далее видно что Уэйд идет по руинам воспоминаний и с сожалением повторив свои слова, про монстров, исчезает.
Братья воссоединились с матерью. Теперь вопрос в том кого выберет Альма в качестве любимчика. Оперативник и Феттел ожидают, сидя на кроватях, в комнате где они выросли. Феттел, услышав крики Альмы, говорит что пора идти. Оперативник идет за ним и видит рожающюю Альму. Феттел говорит ему, что они должны поглотить тело, дабы впитать силу и получить бессмертие, на что получил отказ — Оперативник направляет пистолет на беременный живот. Феттел пытается образумить его — семья это главное, и приказы Ф. Е.А. Р. выполнять бессмысленно. Но Оперативник как и раньше не слушает его. Истинная концовка: Альма выбрала Оперативника. Феттел в ярости из за того, что Оперативник хочет убить младенца. Нападает на брата, но Оперативник успевает выстрелить ему в голову (в то место куда он выстрелил ранее), и Феттел исчезает со словами «До этого можно было не доводить, брат. Мы могли бы стать богами». Далее Оперативник подходит к Альме, достает из ее живота младенца и видит, как Альма исчезает. После этого Оперативник, прижав младенца к груди, уходит. На связь выходит Джин Сун-Квон и говорит, что Оперативник всех спас. Альтернативная концовка: Альма выбрала Феттела. Феттел в ярости из за того, что Оперативник хочет убить младенца. Нападает на брата и вселяется в него, поглощая его личность и сознание и становясь с ним навечно одним целым существом. Через некоторое Феттел просыпается со словами «До этого можно было не доводить, брат». Дальше он подходит к Альме, достаёт из её живота младенца, говорит что она может не боятся, он давно это планировал, а ребенок может послужить ему. Однако осталось лишь забрать то, что есть у матери и издав звериный рык, Феттел набрасывается на Альму и, яростно разрывая тело на куски, съедает её (получая её силу и бессмертие).
После титров следуют воспоминания, как Оперативника и Феттела разделили в детстве и как Феттел в ярости убил нескольких охранников.
