События «Reborn» разворачиваются через небольшое время после ядерного взрыва, который произошел в начале «F.E.A.R. 2: Project Origin». Фокстрот 813 совершает посадку на вражеские позиции войск корпорации «Армахем», которые размещены в комплексе недостроенных небоскрёбов в Оберне, районе города Фэйрпорт. Его задание состоит в поддержке наступления армии Реплики и защите передового командного пункта Сигма. При этом Фокстрот 813 прибывает на вражескую территорию на орбитальной капсуле, внутри которой находится гуманоидный управляемый боевой робот. Орбитальная капсула приземляется на крыше недостроенного небоскрёба, захваченного врагами. Фокстрот с боями пробивается на нижние этажи. После этого ему приходится покинуть робота и по стреле крана перебраться на соседний небоскрёб, занятый союзными ему войсками Реплики. Там он добирается до мобильного командного пункта Сигма, встречает командира и получает задание починить рацию. Внезапно его посещают странные видения и галлюцинации, он оказывается в неком аналоге дополненной реальности, когда объекты и окружение реального мира смешиваются с объектами и окружением иллюзорного мира. В этой дополненной реальности Фокстрот 813 подвергается нападению сверхбыстрых солдат-привидений, похожих на клонов Реплики. Перебив призрачных клонов, Фокстрот видит Пакстона Феттела, одного из антагонистов F.E.A.R., который был убит в конце игры. Феттел говорит Фокстроту 813 о том, что Фокстрот — избранный, и что все остальные вокруг — «бесполезные, призрачные», а потом просит освободить его. После речи Феттела Фокстрот 813 «возвращается» в реальность и обнаруживает, что перебил всех солдат в командном пункте Сигма. Сразу после этого Реплика объявляет Фокстрота 813 врагом, изменником и приказывает всем клонам немедленно уничтожить его. Также после данного инцидента Фокстроту 813 становится доступен режим «замедленного времени». Начиная с этого момента, Фокстрот 813 идёт к пункту назначения через различные участки разрушенного города, время от времени направляемый Феттелем, и сражается с армией клонов и людьми, а также с мутантами, сбежавшими с лабораторий корпорации «Армахем». Его путь проходит через этажи недостроенного небоскрёба, через остатки поваленного набок офисного здания, канализацию, заполненную мутантами, захваченные репликантами улицы. В процессе движения к своей цели степень разрушения города увеличивается, так как пункт назначения находится возле центра ядерного взрыва.
Во время похода Фокстрот три раза сталкивается с Альмой Вэйд, главным антагонистом серии F.E.A.R. Все три раза Альма атакует его различными способами.
Пункт назначения находится возле центра ядерного взрыва, на дне кратера. Непосредственно возле самого пункта назначения Фокстрот 813 снова попадает в режим дополненной реальности и сражается с призрачными солдатами Реплики. Уничтожив их, он попадает в комнату, в которой находится сам Пакстон Феттел. Феттел говорит ему, что мечтал об этом моменте, после чего снимает с Фокстрота боевой шлем. Оказывается, что Фокстрот является клоном Феттела. Как только шлем снят, Феттел переносит своё сознание в тело Фокстрота, и уже как материальное существо произносит, что он «возродился». На этом игра заканчивается.
